Programme détaillé

INTRODUCTION A LA REDACTION DE DOCUMENTS TECHNIQUES REPRODUCTIBLES

• Limites des outils WYSIWYG (Word, Google Docs...) : Discussion sur les limitations des outils de traitement de texte traditionnels en termes de reproductibilité, de collaboration et de contrôle de version.
• Introduction au projet fil rouge : Présentation du projet pratique qui servira de fil conducteur tout au long de la formation pour appliquer les concepts appris.

DECOUVERTE DE LA SYNTAXE MARKDOWN

• Mise en forme du texte (titres, listes, gras, italique, liens, images...) : Apprentissage des éléments de base de la mise en forme de texte avec Markdown.
• Insertion de blocs de code : Introduction à l'ajout de blocs de code dans les documents Markdown pour inclure des exemples de code.
• Atelier Pratique : rédaction d'un document Markdown simple : Exercice pratique pour rédiger un document simple en utilisant Markdown.

PREMIERS PAS AVEC QUARTO

• Installation et configuration de Quarto : Guide étape par étape pour installer et configurer Quarto.
• Structure d'un document .qmd : Explication de la structure d'un document Quarto Markdown.
• Options des métadonnées YAML : Introduction aux métadonnées YAML pour configurer des options spécifiques du document.
• Rendu dans différents formats : Exploration des options de rendu de Quarto dans divers formats tels que HTML, PDF et Word.

INTEGRATION DE CODE R ET/OU PYTHON

INSERTION DE CHUNKS DE CODE

• Options des chunks (cache, warning, message, figure...) : Détails sur les options disponibles pour les chunks de code dans Quarto pour contrôler leur comportement et leur affichage.
• Affichage et masquage du code et des résultats : Techniques pour afficher ou masquer le code et les résultats dans les documents rendus.

GENERATION DE RESULTATS STATISTIQUES EN R

• Manipulation de données avec dplyr et tidyr : Introduction à la manipulation de données en R en utilisant les bibliothèques dplyr et tidyr.
• Statistiques descriptives avec summary : Utilisation de la fonction summary pour obtenir des statistiques descriptives de base.
• Graphiques avec ggplot2 : Création de graphiques avec la bibliothèque ggplot2.

GENERATION DE RESULTATS STATISTIQUES EN PYTHON

• Manipulation de données avec pandas : Introduction à la manipulation de données en Python en utilisant la bibliothèque pandas.
• Statistiques descriptives avec describe : Utilisation de la méthode describe pour obtenir des statistiques descriptives de base.
• Graphiques avec matplotlib et seaborn : Création de graphiques avec les bibliothèques matplotlib et seaborn.

EXERCICES D'APPLICATION

• Mise en pratique des concepts appris à travers des exercices spécifiques pour renforcer les compétences en rédaction de documents techniques reproductibles.

MISE EN FORME ET AUTOMATISATION

MISE EN FORME AVANCEE

• Insertion d'équations : Ajout d'équations mathématiques dans les documents.
• Personnalisation des tableaux avec kable et gt : Personnalisation avancée des tableaux en utilisant les bibliothèques kable et gt.
• Ajout de références bibliographiques avec .bib : Intégration de références bibliographiques à l'aide de fichiers .bib.
• Définition de la mise en page avec du CSS : Personnalisation de la mise en page des documents rendus avec CSS.

UTILISATION DE MODELES

• Modèles HTML : Création et utilisation de modèles HTML pour un rendu cohérent.
• Modèles PDF : Création et utilisation de modèles PDF.
• Modèles Word : Création et utilisation de modèles Word.

HEBERGEMENT ET AUTOMATISATION (AVANCE)

• Introduction à Git et GitHub : Présentation de Git et GitHub pour la gestion de version et la collaboration.
• Déployer son rapport avec GitPages : Utilisation de GitPages pour héberger les rapports en ligne.
• Délivrer son rapport en continu (CI/CD) : Mise en place de l'intégration et du déploiement continus pour automatiser la génération et la publication des rapports.

PROJET FIL ROUGE

• Spécifications d'un rapport statistique automatisé : Définition des spécifications du projet pratique.
• Implémentation en binômes : Travail en binômes pour développer et implémenter le projet.
• Restitution et retours : Présentation des projets, retour d'expérience et feedback.